Владыкинское кладбище было образовано в 1859 году. Свое название оно получило от села Владыкино, известного по письменным источникам с 1551 года как Вельяминово. Село принадлежало царскому роду Шуйских. Он скончался и не оставил наследников, а село со временем перешло патриарху Никону. По легенде ему так нравились местные палисадники и цветочные поляны, что он начал называть местность Владыкино, то есть принадлежащее владыке всего сущего. Во времена Первой мировой во Владыкино был лагерь для военнопленных.

Неподалеку от современного кладбища есть Храм Рождества Пресвятой Богородицы. Современная постройка 1850 года, но храм на этом месте стоял еще за 80 лет до того. Сегодня храм является памятником архитектуры федерального значения. Самая древняя из сохранившихся икон — образ Николая Чудотворца датируется концом XVI — началом XVII века.

Дата основания Владыкинского кладбища приходится на первое десятилетие после постройки храма. До проведения Алтуфьевского путепровода кладбище было больше, часть могил бесследно исчезла при строительстве железной дороги.

Могилы известных личностей на Владыкинском кладбище

XIX век

Виктор Егорович Графф (1819—1867) — российский лесовод, полковник Корпуса лесничих.

XX век

Матрона Анемнясевская (1864—1936) — святая Русской Православной Церкви. При сносе части погоста могила перенесена на Долгопрудненское кладбище.

Мария Николаевна Ермолова (1853—1928) — русская актриса. Прах в 1971 году был перезахоронен на Новодевичьем кладбище.

Гавриил Иванович Матюхин (1880—1956) — матрос 1 статьи, крейсер «Громобой». Кавалер Георгиевского креста.

XXI век

Алексей Захарович Ванин (1925—2012) — советский актёр театра и кино. Заслуженный артист Российской Федерации. Ветеран Великой Отечественной войны.

Тереза Васильевна Дурова (1926—2012) — советская и российская артистка цирка, народная артистка РСФСР.

Олег Владимирович Красильников (1950—2011) — советский ученый-биофизик.